恰逢1993年2月28日发生在卡梅尔山的悲剧事件30周年之际，本剧聚焦于韦科灾难的余波：对大卫教派幸存成员的审判和本土恐怖分子蒂莫西·麦克维的崛起。这部五集的限定剧还为美国民兵运动的升级提供了更广泛的背景，这为俄克拉荷马城爆炸案和1月6日美国国会大厦的袭击埋下 了伏笔。
自乔伊·萨尔沃被暗杀以来的四个月里，西蒙尼一直在做零工，因为他已被内务部停职等待调查，同时他找到西波维奇询问他和其他人煽动联邦调查局认为萨尔沃的死是 IAB 内部人员所为的情况，IAB 的香农中尉告诉范西中尉，他可能认识杀害萨尔沃的凶手。
当好家伙看到马洛里陷害了一个无辜的人时，他转向布朗神父的帮助。
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布罗克迈尔 (汉克·阿扎利亚饰) 试图在戒酒的同时重建生活，他搬到了佛罗里达州，在那里他与前垒球明星加布丽·泰勒 (托尼·纽瑟姆饰) 一起为奥克兰解说美国职业棒球大联盟春季训练赛。
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
