一个来自未来的人,现在被困在过去,试图为自己创造生活,却没有意识到他所造成的后果。
未来世界,军方研制强化战士作战能力的药剂,却弄巧成拙导致大量民众沾染失败的实验制剂,并由此诞生了身体异于常人的生化人群体。军方兴建了庞大的隔离建筑,同时研发出对付生化人的最终武器,于是生化人组织派出女战士紫罗兰(Milla Jovovich 饰)潜入军方内部,用暴力方式将最终武器抢夺。紫罗兰难耐好奇,于路将最终武器包装打开之后发现里面居然是一名男童(Cameron Bright 饰),原来男童拥有可以消灭生化人的血液抗原,紫罗兰认为血液抗原亦可使生化人返回人类形态,不满组织的粗暴解决方式遂决意背叛,携自称“6号”的男童踏上了躲避军方和生化人组织的亡命之旅。而男童的背后,还有更大的秘密尚未揭开。
蜘蛛侠(托比•马奎尔 Tobey Maguire 饰)在经历了重重考验之后,成为了人人敬仰的正义英雄,抱得美人归。但是,光环下蜘蛛侠,也有自己的心病:他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死,帕克一直耿耿于怀。生活顺意的帕克开始变得目中无人,当他再次抓到那个小偷时,残忍地看着他从楼上摔下致死,过后才发现自己惩罚错了人,真凶是“沙人”。当帕克将“沙人”残忍杀死后,帕克心内的阴暗面渐渐在帕克的身体内占据了上风,蜘蛛侠最终演变成邪恶的“毒蜘蛛”!糟糕的是,帕克没有察觉到自身的变化,帕克最终如何摆脱自身的邪恶