曾经有这四位凶神与八百万神灵的国家[实际是中国]，被封印在四方的山中的四凶神中的两神逃走后，八百万神灵也离开奔向世界各处。自此这个国度就被伟人们守护着。这个没有了神话的国度为了找回奔向各地的八百万神灵设立了一种职业——歌士官。主人公，一叶，正是这其中的一员。
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
