海港市发生一起离奇的“浮尸案”，网络女主播全身赤裸在护城河中溺亡，受害人死前曾收到过变态凶手的“死亡预告”。市刑警队队长陆萧，带领专案组成员展开侦查。逐渐地，有越来越多的人物被牵扯其中，而陆萧也发现了案件背后隐匿十多年的秘密。当真相浮出水面，所有人都被震惊了……
该片回顾了300多年前，六世班禅喇嘛不远万里从西藏到北京朝觐乾隆皇帝这一历史事件，再现《钦定藏内善后章程二十九条》、“金瓶掣签”等重大规章制度形成的过程和意义，深刻反映出历史上中央政府对西藏的有效管辖和治理，以及中央政府在藏传佛教大活佛转世认定上的权威。
当年在农村插队的周魏红美丽能干，是闻名的“红姑娘”，她爱上了比她小三岁的陈大志。大志考上大学，魏红也回城当小学教师，大志不惜和母亲决裂与她结婚。靠魏红的工资，丈夫读了大学研究生博士，成为大学副院长，举家到广州定居。夫妻间的共同语言越来越少，可她对丈夫无比信任。魏红的弟弟弟媳下岗，到广州来投奔她，魏红在家里办起了培训班。房间太小，大志要搬到学校住，和她分居。女儿陈悦大学快毕业这一年魏红才知道，大志外面早有了别人。魏红选择离婚，提前内退，回到了重庆开火锅馆。她认识了当年的学长，出租车司机葛大壮。大壮对魏红十分照顾和体贴，让魏红享受到被呵护的幸福。弟弟干涉这段门不当户不对的感情，让魏红为难。大壮帮助女儿陈悦走出了一段不健康的迷恋之后，解除了魏红的心病，也让周魏红看到只有大壮是可以交付终身的人。
活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世，万应佛堂、雪女传说，木马缘、双退婚、鬼郎君 贞洁牌坊等9个单元组成。
