影片聚焦“无声末世”第一天，人类尚未掌握“出声即死”的法则，在怪物面前不堪一击。数以千计的怪物从天而降，怪物数量达到系列之最，视角也从前作的乡村小镇升级到美国第一大都市——纽约，全球沦陷，人类生活的街道、地铁、超市等地都变得危机四伏，一旦出声便会被潜藏的怪物“贴脸开大”，喧嚣的纽约沦陷为一座沉默的孤城，苟活的人类在此上演一场极限大逃亡。
一对通过实验获得超能力的夫妻生下一个能遭纵火焰的女儿，Charlie（赖恩·基拉·阿姆斯特朗 饰演），从此便开始逃避联邦秘密特工的追查，他们想让Charlie的超能力为己所用。Charlie要逐渐学会控制自己的能力，也要依赖它保护自己与家庭……
在首次墙外调查途中，懵懂无知的调查兵团成员遭遇了最为惨烈痛苦的一刻。而就在当时，艾伦•叶卡（三浦春马 饰）被吞噬后竟也异变成巨人，并以压倒性的攻势消灭了其他巨人。幸存者们回到城中，而艾伦则被政府抓住，命悬一线。关键时刻，一只铠甲巨人从天而降，抓走艾伦后迅速离开。当艾伦从昏迷中醒来，发现自己和敷岛（长谷川博己 饰）置身于一个封闭的房间里。敷岛淡定自若，向眼前的青年讲述了巨人诞生的可怕真相。与此同时，三笠•阿克曼（水原希子 饰）、阿明•阿诺德（本乡奏多 饰）等人经过讨论后也展开相应行动。与巨人的对抗进入了新的阶段……本片根据同名漫画改编。
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2000年，杀不死的杰森被关在水晶湖研究中心，政府为了借杰森研究坏死组织恢复试图将其转移，然而交接时刻杰森再次大开杀戒，危机关头研究员萝文（莱克莎·多伊格 Lexa Doig 饰）把杰森和自己一起封冻。455年后，地球早已不适合人类生存，一支人类科考队返回地球进行考古研究，他们发现了萝文与杰森的尸体，博士卢威（乔纳森·鲍茨 Jonathan Potts 饰）与学生们把尸体带回运输船高刚号，并使用高科技令萝文复活。作为著名杀人狂，杰森尸体的商业价值令卢威心动，岂料杰森在太空船中再次复活并大开杀戒，杰森杀不死的体质结合400年后的科技手段令他的恐怖指数再度上升……
