東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
有关本剧的情报并不多，不过有消息源指出，该剧类似《银河奥特曼》，即主角艾克斯奥特曼可以 使用其他奥特曼战士/怪兽的力量，不过区别点在于，主角艾克斯奥特曼可以借助特殊的卡牌使用其他奥特曼战士/怪兽的力量（类似银河奥特曼的火花软胶人偶超变身设定），比如艾克斯奥特曼能数码哥莫拉卡牌“合体，并且从海报的左上方我们能看到同数码哥莫拉卡牌“合体”的X奥特曼,看起来有机甲的视觉。
《Gun Gale Online》动画官方公开了第二季的全新视觉图，宣布动画第二季将在2024年年内播出。
