在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
描述不良少年鬼爆二人组鬼冢英吉与弹间龙二高中时代生活的故事。
本剧以3年C班的学生们为主角，担任班主任的正片主人公世冈理音（生田绘梨花 饰）也将登场，星阳学园放学后、上课中、暑假的样子等电视剧正片中没有描写的故事将被迷你电视剧化。
该作品改编自一龙一原作、伊藤翔太插画的同名漫画，是由父亲是连环杀手的大学生浦岛英二主演的双重人格悬疑故事。有一天，英二意识到自己有双重人格，并开始担心“另一个自己”可能会谋杀，因此他决定揭开真相。
本剧作为系列作第二季，出现了能看到事物和地方残留情绪的泰国杀人嫌疑犯，这与主人公心野朱梨在父母被杀后能看到别人的彩色情绪类似。警视厅中，朱梨又有了新搭档。然而，找回感情的姐姐失踪了，因为杀害熟人的嫌疑被通缉。为了证明姐姐的清白而继续调查的时候，两个案件交错在一起。能看见人类感情的刑警与能看见物品上残留感情的嫌疑犯，史上空前的感情搜查拉开了帷幕。
剧情描绘围绕警视总监宝座的权力游戏。警视厅搜查共助课的理事官上条涟（玉木宏 饰）因童年时期的某件事而渴望获得权力。涟认为自己所属派系的高层成为警视总监是成功的捷径，不管多么肮脏的工作都毫不犹豫地进行着。
