今天，是少女由乃（阿澄佳奈 配音）离开父母，独自来到大城市念书的日子，虽然考入了梦寐以求的山吹高中艺术科，但是面对未知的生活，由乃的心中尚且留有几分忐忑。在学校旁边有一间名为向阳庄的公寓，在这里，由乃即将度过三年的学习时光。在向阳庄里，由乃结识了许多有趣的朋友们。活泼好动开朗乐观的宫子（水桥香织 配音）一直都因为其大大咧咧的性格扮演着麻烦制造机的角色；每天都在减肥中的温顺少女寻（后藤邑子 配音）在发起怒来的时候不亚于阎王再世，此外，还有个性直率的沙英（新谷良子 配音），一口关西腔的乃莉（原田瞳 配音），略微有些自卑的小荠（小见川千明 配音），这些女孩子在向阳庄里，在笑声中，努力着奋斗着，一步一步向各自的梦想迈进。
拉梅塔尔星球 (LaMetal) 开始了一场与地球的征服战争，唯一能够保护世界免受这场威胁的人是千禧女王 (Queen Millennia)，她是拉梅塔尔 (La-Metal) 的前公主，并将地球作为自己的家园。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
出现在该系列代表人物 Sol Badguy 和 Sin Kiske 背景中的神秘女孩是谁？
科技发达的机械化理想国度，帝国。驱使超自然力量·星灵术，作为“魔女之国”受人畏惧的涅比利斯皇厅。两国的漫长战争仍在持续。
