袁淮参加家族试炼，却在试炼中被恶人夺走获得修仙名额，母亲被害死，妹妹被掳走，自己更被打成重伤丢下山崖。在崖底濒死之时遇到万年前被镇压在五指山下的孙悟空，获得机缘拜师后重获新生，逃出崖底为母报仇，又在孙悟空的帮助下踏入仙门，走上修仙救妹之路。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
