東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
みつけた、熱くなれるもの（魔法少女）をー 祖父のもとを訪れた地図子は、街を守る魔法少女?ベリーブロッサムと出会い、たちまち夢中に。 しかし、敵対する悪の組織「フォッサマグナ」総帥?クロマの攻撃があまりにもパッとせず、２人の戦いは見応えゼロ。もっと、ベリーの活躍を愛でたい地図子はモヤモヤを募らせていく???。 「魔法少女をもっと輝かせたい???強いてくれ、苦戦を！」 その欲望（？）が、内気な少女を悪の路に導いてゆく―。
