四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
温氏横行，生灵涂炭。江湖仙门义士发动“射日之征”，合力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功劳，却因修非常道且太过强大而遭人忌惮坑害，致万人唾骂，被情同手足的师弟带人端了老巢，身陨形灭…… 十三年后，魏无羡被人献舍，并再度与姑苏蓝氏蓝忘机、云梦江氏江澄等旧人相遇，前尘谜团未消，江湖疑云再起。 而这一切恩怨情仇，都要从他们少年时说起……
在本季《超级飞侠18无限合体》中，超级飞侠将采用全新的电能装备来迎接更多挑战！如在河南，乐迪和酷威帮助热爱功夫的欣妍回到过去，寻找少林功夫大师学习；又如在法国巴黎，乐迪和酷芮带来追踪手表，帮助男孩拉非尔找到丢失的门球。上一季的结尾，小风为所有电能超级飞侠发明出了电能合体装备，超级飞侠将借助这个电能合体装备帮助小朋友们更好地解决困难和问题。
