在遥远的神话时代，人类私欲膨胀，相互残杀，人世间血雨腥风，哀鸿遍野。人类仇恨的力量创造了妖邪界及其魔王霸主阿罗醐，阿罗醐的出现是人类的命运更加黯淡无光。这时，身穿金色铠甲的勇士迦雄须出现，打败了阿罗醐，还世界以光明。然阿罗醐虽死，其聚集了邪念铠甲却还留存世间。为了抑制住邪恶的力量，迦雄须用“仁、义、礼、智、信、忠、孝、悌、忍”九种人类精神将其封印。
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了
