本剧改编自同名漫画，讲述了高三那年夏天，宝安慰哭泣的大进，大进难忘此事，从福冈追到东京的大学来找宝。原本大进不明白那份心情是什么，但渐渐地对宝产生情愫。某天迎新聚餐，大进喝醉了，被宝带回公寓照顾，大进趁着醉意告白了。第二天早上，宝吻了吓得一脸苍白的大进，说“接吻感觉不糟，所以跟你交往”。后来两人长时间相处，宝想回去自己的住处！？
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
在日本引以为豪的富士山山麓山梨县的某个小镇里，主人公·远藤清美（市川实日子 饰）是在商务酒店工作的单身母亲，某日意外地遇到了外星人，故事由此展开。如果她是一个单纯少女，她将与外星人建立友谊，为正义与巨恶战斗…的青春冒险剧即将开始，不过，经历了世间酸甜苦辣的成年人清美，在不得罪外星人的水平上请求其解决她工作和私人生活中的小事件……
本剧讲述了五十岚赖人向恋人筒井凛然正式求婚前，就在这时，一直以来都坚定地尽量避免失败的他面前，突然出现了一位神秘的大叔，向五十岚泼了红酒，并说：“如果不中止求婚的话，你的人生将会非常失败。”大叔还自称为30年后的五十岚，并预告之后会有来电。和预告一样，打来电话是大学时代的同期生· 清水…
东京发生一起凶杀案，尸体上留下了“X”字母的痕迹。原本负责该案件的侦探安藤源氏（安田健 饰）被调离调查。因为凶手与杀害其妻子的连环杀人案的凶手很有可能是同一个人。调查总部于是秘密请求被称为天才科学家的神探仁 (田中圭 饰) 的合作。金波对于破案毫无兴趣。最重要的是，源氏因其古怪的行为和言语而失去了平衡。然而，两人逐渐开始合作。两人单独进行的 DNA 调查发现了调查总部都没有注意到的“某些痕迹”。与此同时，“X杀人犯”又犯下了更多谋杀案……
五十岚唯织（洼田正孝饰）是一名诊疗放射线技师。此前受邀参与使用人工智能的读影辅助软件开发项目，唯织决定赴美，与同伴们告别。两年后，唯织回到日本，希望回到甘春综合医院。但是，新院长灰岛将人（高岛政宏饰）实施了医院的合理化，不再需要放射线科医生，工作都外包至影像中心。当年的同伴也各自转职到别的医院。有一天，小提琴家宝生真凛在独奏会上晕倒，坐在观众席上的灰岛将她紧急送往甘春医院。与此同时，已经不在甘春医院工作的甘春杏（本田翼饰），结束工作踏上归途，遇到了怀孕中的森迫由美（森宽和饰）腹痛难忍的样子。这时唯织出现了。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
