《奇妙之城》通过国内外六个城市中的人物故事展示城市的奇妙之处，深度挖掘人与城市的关系。
故事以红叶市公安局宣传处副处长谭彦的“职场危机”为切入点，从宣传民警转战特警支队担任政委，一直拿笔杆子的谭彦从宣传岗位投身实战前线，一时间陷入秀才遇到兵有理说不清的处境，与深扎一线浑身荷尔蒙爆棚的特警支队长廖不凡从矛盾、磨合到融合，在协助专案组破获大案的过程里重拾职业理想。 该剧改编自吕铮的同名小说。
贤俊（李秉宪 饰）和思宇（郑俊浩 饰）为NSS（国家安全局）要员，均爱上了美丽上司胜熙（金泰熙 饰），但后者与贤俊情投意合。副局长白山派他们营救科学家，后者死前将一U盘托付贤俊。白山密派贤俊暗杀朝鲜2号人物，贤俊不辱使命，却遭灭口，出于兄弟情，思宇放了贤俊。后者准备与胜熙逃亡时遭遇爆炸。贤俊逃亡日本，并与追踪他的朝鲜特工善华（金素妍 饰）冰释前嫌，共同进退。死里逃生的胜熙坚信贤俊在世，多次违规调查。贤俊在日本遭到追杀，连累救命恩人一家惨死。走投无路的贤俊投靠了朝鲜，并随恐怖组织攻击了NSS总部，见到了朝思暮想的胜熙，但仍无法相认。贤俊终于解开了U盘的秘密，原来白山是自己的杀父仇人，而这背后还隐藏着一个神秘组织——IRIS。朝韩双方高层会谈，卫队长密谋制造恐怖爆炸。追查中的胜熙被恐怖分子生擒，爱人竟以仇人面目相对，迎接他们的是更加残酷的阴谋……
