15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
"名字被写在这个笔记本上的人会死"死神琉可拥有这样的死神笔记本，却将它遗失在人间。天才高中生夜神月捡到这本笔记本，本以为是恶作剧的他，在笔记本上写下了电视中播放的罪犯的名字，确认了笔记本能力的真实性。厌倦腐朽世界的夜神月使用笔记本的力量，开始杀死犯罪者，以此希望建立一个没有犯罪的美好理想世界，而自己成为“新世界的神”。连续罪犯死亡事件，吸引了全世界警察的目光，更吸引了世界第一名侦探L的注意，L能否将被崇拜者称为“基拉”的夜神月逮捕？一本死神的笔记本，拉开了天才与天才之间卓越巅峰的头脑战争的序幕。本已对人间失去兴趣的琉可，在旁观惊心动魄的斗智过程中感叹“人类，真有趣。
