曾经，泉田准一郎（木内秀信 配音）怀抱着成为推理小说中的名侦探的远大理想报考了警察学校，如今，已经33岁的他，依然只是警视厅里一介小小的警部补。令他怎么也想不到的是，上级的一纸公文，居然就奠定了他从今往后悲惨的生活。这天，他成为了号称“驱魔娘娘”的药师寺凉子（生天目仁美 配音）的部下，这位27岁就当上警视的红发美女，不仅是保全公司的千金大小姐，同时有着超高的智商，此外，凉子高傲的个性和古灵精怪的坏心眼也让同僚们闻风色变。
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
