“上帝，世界今天依然健健康康地疯狂着。” 就读于东京都内私立高中的高一学生护郎，既没有“希望”、“梦想”，也没有“野心”。 有一天，护郎的手机收到了奇怪的通知：你被选中了，请说出你的愿望。 在许一个愿望后真实现的护郎面前，一个神秘的女孩拉尔出现了，她对一连串的事情感到混乱的护郎宣告残酷的命运。 护郎被“伟大的意志”选中，为了实现他的愿望，他将与其他神候选人竞争 "神 "的位置，互相残杀，直到只剩下一个。
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
