神秘少年大风解教了速遇疏算亚病的李画眉，大风欲赴京都寻师巧与李画眉同路，途中李画眉却惊党其师姐便是女皇奏昭，且女皇展派杀手追杀。为江查明缘由，大风和李画眉性命互托，共同御敌。湖纷争四起，朝堂争斗更胜。二人不知不觉被卷入 一场云溺波诡的阴谋当中，大风就是解开所有谜团的明匙.....
肖星宇无意间觉醒了神级御兽系统，开启魔神之眼，可以看穿所有御兽隐藏进化路线、激活隐藏血脉、开启无限进化…...哈士奇，进化地狱修罗狼！小精灵，变异十二翼炽天使！孵化龙蛋，召唤九幽烛龙！
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
