继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
新的恶势力登场，她就是卡奥斯的女儿“卡拉”，卡拉想要利用派尔来复活自己的父亲与之抗衡的现役英雄们和光环学院的学生们! 都在努力学习新技术。这时又一个新登场的胶冻族的成员“派尔”！失忆的派尔开始寻找自己的搭档。慢慢恢复的记忆还有他奇怪的行为，派尔到底是谁呢？光环学院的学生们是否能够成功阻止卡拉复活卡奥斯呢？
饱尝校园霸凌的女生夏玲，崩溃跳楼后竟重生成了高富帅孟祎。逆袭复仇的同时，也与曾经的暗恋对象兼现任“好基友”暧昧不清，堪称史上最励志！
