灵感少女夜宵因交通事故失去了双亲，母亲的灵魂还在事故时被恶灵夺走，为了找回夜宵母亲的灵魂，拥有通灵体质的萤多朗和夜宵一起前往恶灵弥漫的灵异地点。
在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。
The New Gate是一部大型多人线上游戏，而玩家被迫困在这个游戏里进行死亡游戏，若是不打赢最终BOSS的守护者，便无法登出游戏。男主角进是The New Gate的老手集最强玩家之一，在打赢守护者后，系统传来了游戏破关，能够执行登出的时候，本来打算确认完全部玩家登出后再登出时，身后却出现一道未曾看过的大门，伴随著强光而打开的大门，进醒来后却发现自己身处于与游戏相同的世界，并辗转得知自己穿越到游戏破关500年后的世界……
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
