西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。
封印着三国时代英雄魂魄的勾玉，流落到日出国（日本）并散落各地。勾玉具有能引导出续承者极限能力的力量。被勾玉选中的人称之为“斗士”，为追求天下第一强不断战斗。看似平凡的女高中生——孙策得知自己也是名“斗士”后，便投入了战斗的漩涡。而奉母之命转到南阳学院的伯符转学的第一天就制造了暴动。在关东，洛阳中学，南阳中学，许昌中学，扬州中学，豫州学院，成都学院，琼州中学共7所中学中，展开了天下唯我独尊的霸权争夺战。在这7多高校的高中生中，有一群身批勾玉“战袍”的人，他们何时何地都埋头苦战。在他们身上所佩带的勾玉是封印着远在三国时期三国志战士灵魂的，宿命的勾玉。换言之，三国志时代的英雄和名将们都演变成了高中生在现代展开霸权争夺战。
