花季少女表白温柔女前辈，谁曾想前辈竟然是男生！？ 女装男子花冈真琴某日放学后收到了一封匿名信，“又是误以为我是女生的学弟的告白吧”，原本这么想的他遭到一年级女生苍井咲突如其来的告白。 在真琴坦白了自己是伪娘后，咲非但没有失望反而狂喷鼻血：“简直太完美了，这代表我能同时享受男生版和女生版的前辈了！” 虽然真琴还是拒绝了咲，但咲并未放弃，而是下定决心更要主动出击追到真琴！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
在并不遥远的未来，人类文明高度发达，外星殖民不再是幻想。然而相对高度发达的科技，娱乐事业却受到前所未有的压制。艺能活动被认为具有蛊惑和腐蚀人心的恶劣影响而遭到当局禁止。好在渴望娱乐的种子仍在发芽，名为AKB0048的偶像团体志愿为所有蓝花星的人民送去快乐和梦想，她们顶住当局的压力举行非法演唱会，并公开招募第77期研究生。受到偶像感召，本宫凪沙（岩田华怜 配音）、园智惠理（渡边麻友 配音）、蓝田织音（仲谷明香 配音）、横沟真琴（三田麻央 配音）等满怀青春梦想的女孩相继报名。
8月12日，灼热的京都左京区。“下鸭幽水庄”唯一的空调不开了。坏朋友小津昨晚把遥控器给淹了。正当“我”和电影社团“みそぎ”的冷酷美人明石商量对策时，出现了一个长相木讷、素不相识的男学生·田村。据说他是乘坐时光机从25年后的未来过来的。就在这时，“我”突然灵光一闪。用这个时间机器回到昨天，拿起坏掉之前的遥控器不就行了吗！但是，小津他们随心所欲地改变昨天，改写过去。预感到世界毁灭危机的“我”，慌忙介入阻止，不过，已经晚了!最后，遥控器和日常生活能平安回来吗！？以及，“我”和明石的恋爱去向是——?在“昨天”与“今天”之间，放眼世界稀里糊涂胡乱使用时间机器的故事，开始了！
