東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师， 迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。 首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。 夏子被评价为新锐天才导演， 并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。 然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念， 因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。 某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时， 发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
