2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——
“维斯顿井”是位于海洋与陆地之间的一个异世界。那是一个深海与天空共存的世界，以地热和人的“灵气之力”为源头，甚至妖精费拉里奥与黑暗混沌共存。 A国的地方领主德雷克·拉夫特为了增强军事实力，试图吸引拥有强大气场的地表人类。其中一人，翔扎马，被授予灵气战士丹拜因，并被视为圣战士。然而，当他遇见叛逆者尼伊·吉文和他的追随者，地球女孩玛维尔·弗罗兹时，他面对了一些令人费解的话语。 “一个什么都不知道却帮助德雷克的愚蠢男人。”最终，“维斯顿之井”的冲突发展成为一团巨大的战争阴云，并席卷了地面世界。
