生活在现代的青年——摩绪（MAO）。因"诅咒"而存活了 900 年的神秘阴阳师。生活在令和时代的女中学生黄叶菜花。幼年时遭遇事故，全家只有她一人幸存。某日，当菜花穿过那扇已成为事故现场的商店街大门时，误入妖怪横行的昭和年代。与摩绪相遇的菜花——“你这家伙，是妖怪吧。”被摩绪这么一说，菜花才意识到自己身体的异样。两人竟背负着相同的诅咒！！摩绪与菜花将直面连环"诅咒"的挑战！
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
