2010年，香港警队刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）前往泰国曼谷，与当地潜伏的卧底追查跨国贩毒线。谁知过程中吉运帮头目Pak Key及其手下乐少锋（周柏豪 饰）突然介入，打乱计划。卓凯一行撤退时更遭遇一场精心策划的大爆炸，导致其他卧底命丧火海。返港之后，卓凯心灰意冷，有意辞职。就在此时，香港最大的社团长兴祸起萧墙，昔日同袍持刀相向，大战一触即发。另一方面，高级督察黎瑞权（张兆辉 饰）唯恐长兴内部的5个卧底身份曝光，情急之下删掉卧底档案。
从小被神奇婆婆抚养长大的阿日（郭晋安 饰）和阿月（张卫健 饰）是一对性格不尽相同的好兄弟，都练就了一身的好功夫，为人也都极尽狭义，被皇上御封为日月神侠。在闯荡江湖的过程中，他们先后邂逅了各种奇异之人、奇异之事，结识了千金大小姐裘菁菁（杨羚 饰），金华，银柳等人，阿日和阿月和她们发展了纠葛的多角恋。在看似一切无恙的背后，却隐藏着一个惊天秘密，那就是阿月的身世之谜。原来阿日阿月均是仙魔大战的代表，只是阿日是代表正义的道半仙的儿子，而阿月则是魔尊之子。知道真相的阿月接受不了这个事实，在逼近仙魔大战百年纪念日的日期，阿月成了魔。曾经的好兄弟，现在却成了不共戴天的宿敌。日月神剑能否再度合璧？
十五年的冤狱终得昭雪，石东升（黄日华 饰）出狱后不久即要求重回警队。在曾经的好友兼搭档米安定（苗侨伟 饰）的帮助下，石东升追查到当年案件的真相并将犯罪份子绳之以法。由于十五年前自己的证词间接造成石东升的冤狱，米安定一直对石东升心存歉意，在起初发觉石东升办案过程中滥用私刑之时，米安定试图劝阻。石东升一边假意奉承米安定，另一边却利用职务之便，扮演着“地下判官”的角色。石东升越陷越深，不仅依旧无视法规我行我素，而且把米安定当成自己“替天行道”的绊脚石，想办法来陷害米安定。为了维护法律的尊严和避免出现更多的受害者，米安定决定收集证据将石东升绳之以法。
